臭氣污染的一個重要來源是污水處理。類似于垃圾處理，隨著城市化進程的加快，我國城市污水處理規模不斷擴大，據《住房和城鄉建設部關于2017年第四季度城市污水處理設施建設和運行情況的通知》顯示，截至2017年12月底，全國城市已建成運行污水處理廠4100多個，城市污水廠除臭的問題也逐漸暴露出來。
利用微生物原位處理污水污水可以從源頭上解決臭氣排放問題，大大降低臭氣異位處理的成本，但現階段使用微生物(菌劑)處理污水更注重菌劑后出水水質和污泥減量的效果，而減少臭氣排放更具附帶效果。
污水處理過程中惡臭氣體的來源主要包括兩個方面:
(1)直接從污水中揮發的氣體，如工業廢水和其他廢水中含有的有機溶劑、衍生物和其他揮發性臭氣成分；
(2)微生物菌群通過生化反應降解污水中的有機物，是餐飲污水和畜禽養殖污水惡臭的主要原因。
目前，在污水廠除臭過程中，主要采用收集后集中處理臭氣的方法，即密封每個處理單元，通過管道將臭氣集中輸送到處理系統，然后根據臭氣的成分和濃度選擇合適的除臭方法進行處理。生物過濾和生物滴濾是污水處理廠現階段廣泛使用的生物除臭技術。
因此，采用生物濾池技術等臭氣異位處理技術仍然是目前污水廠除臭氣問題的主要方法。然而，污水處理廠的不同污水處理技術(如間歇活性污泥法、SBR技術、厭氧-缺氧-好氧生物脫氮除磷技術、A2/O技術、吸附-生物降解技術、AB技術等)。)、不同的污水處理單元(如格柵、沉砂池、生物反應池、污泥處理單元等。)以及不同的污水來源(如生活污水、水產養殖污水、工業廢水等)。)。)可以導致污水處理廠的臭氣組成和含量大不相同，這也對生物過濾器等臭氣異位處理技術的性能提出了嚴峻的挑戰。
當然，污水廠除臭比較重要的是從源頭上減少臭氣的產生。換句話說，用微生物處理污水，從污水中去除各種形式的氮和硫，從而減少臭氣的排放。篩選適合污水處理的微生物是目前非常活躍的研究領域，其中污水生物脫氮的研究是該領域的熱點。
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